ホイールサイズは、小さいもので8インチ、大きいものでは16インチ程度と比較的小径のタイヤを用いるため、路面の凹凸を拾いやすく直進性が劣る。
オートバイはホイールベースの中心付近に重量物（エンジン、トランスミッション）を置き、チェーン等を介してスイングアームに取り付けられた後輪を駆動する。そのため重心が車体の中央近くにあることになる。一方スクーターの多くは、スイングアームにエンジン、トランスミッション、後輪等の駆動系を一体化した「ユニットスイング」と呼ばれる機構を採用している。そのため重心が後よりになり後輪のバネ下荷重が大きくなる。
スクーターにとって大きな特徴になるステップスルーを可能にするために、フレーム形状はある程度限定される。そのためオートバイで採用されるダイヤモンド型やクレードル型といった自由度の高いフレーム形状を用いることができないので、車体剛性は限定されたものになる。
多くのオートバイでは膝でタンクを挟むことにより操作性を増すことが出来るが、スクーターではこのニーグリップするためのタンクがないため、車体に対する人体の一体感が乏しい。ただし、車種によっては座席前方中央部に突起があり、下半身と車体を一体化しやすくしたものもある。
車体はフルカバードされており、内部機構へのアプローチするには、車体を覆うカウルを外す必要がある。このためカウルを持たないオートバイに比べると整備性が悪い。
オートバイに見られる多気筒のエンジンを搭載することはスペースの制限により難しく、多くは軽量かつ小型な単気筒のエンジンが採用されるが、近年ではスズキ・スカイウェイブ650や、ヤマハ・TMAXと云った2気筒エンジンの採用車輌が増え、スポーツタイプにはユニットスイングを用いず比較的大径のタイヤを履くものが見られる。（日本自動車工業会)。既に発表されたモデルでは、ピアジオ社が2008年モデルとして、ジレラ・GP800（839cc）が世界最大の排気量である。
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標準で大きな収納スペースを持つ場合が多い為、スクーターの利便性は圧倒的に高い。メットインスペースはスクーターの利便性を象徴するものである[1]。近年では250ccクラスの中型車はヘルメットを2つ格納できるのが普通となっている。この場合格納スペースの容積は60から80リットルに及ぶ。オートバイにはヘルメットを掛けるフックが用意されることが多いが、ヘルメットはむき出しのままである。一方メットインスペースは施錠できるので、ヘルメットを雨からだけでなく盗難からも守ることができる。
グローブボックス、高速道路の通行券などを収納するスペース、買い物袋を下げるためのフックが用意されているものもある。雨具などさまざまな物品を収納することができるため、買い物や通学通勤だけでなく、ツーリングにも便利である。多くのスクーターは、別売りのパーツを追加することで、リアキャリアに荷物を入れるためのボックスを取り付けることができる。
特にビッグスクーターはフルカバーされた車体と大型のスクリーンのために、雨風を遮る能力が高い。オートバイでこれらを実現するためには、別にカウル、バッグなどを整備する必要がある。
内部機構が露出していないため普段着に近い状態でも乗れると思われがちだが、ライダーの装備が重要であることはオートバイと変わりがない。